负损耗表示光纤链路不光没有损耗，反而还有“增益” — 当然这是不真实的。主要原因来自于以下各种偏差和误差。

其一，在光源端口，光能量不都是 100%射入测试跳线中的，其“耦合效率”的高低与端口结构的几何尺寸和几何偏差有关，且与测试跳线插头的几何尺寸的“偏差”也有关。所以，归零以后一般不允许再插拔测试跳线，否则会破坏端口耦合效率，如若不小心拔出了跳线，则必须重新归零，只有这样才能避免增大测试误差。对短链路而言，归零后插拔端口跳线会令损耗增加或“减少” — 这导致出现测试结果为“负损耗”的现象。

其二，如果归零时跳线端面附着有纤维屑或灰尘，但归零后脱落，也可能会出现“负损耗”。

其三，开机未预热就归零，因仪器工作参数漂移而出现“负损耗”。一般建议预热5 分钟，温差较大时应预热 10 分钟。

其四，归零时跳线插拔不到位(损耗偏大)。

其五，如果归零用的耦合器本身偏差较大(比如轴向对准偏差较大)，则归零后测试短链路时也可能会出现负损耗。

其六，劣质测试跳线或跳线本身不稳定。